주식교환

최종 수정 2026.10.28

주식교환의 의의

주식스왑이란 단순한 의미에서 A회사와 B회사가 교환계약에 의해 B회사의 주주가 소유하고 있는 B사의 주식을 A사의 주식으로 교환하여 주는 절차를 주식교환이라 할 수 있다. 포괄적 주식교환은 원칙적으로 양 회사의 주주총회에서 교환계약을 승인해야 하고 반대주주에게 주식매수청구권이 인정된다. 간이·소규모 주식교환은 법정요건을 충족하면 해당 회사의 주주총회 승인을 이사회 결의로 갈음할 수 있다. 실무에서는 제3자 배정을 통한 주식스왑도 행해진다.

예를 들면 A회사가 이사회의 결의를 통해 B회사의 주주가 소유하는 B회사의 주식을 전부 A회사가 매입하고, B사의 주주는 그 양도대가를 재원으로 하여 A회사가 B회사의 주주에게 3자배정을 통해 신주를 발행하거나 자기주식을 교부하는 것을 말한다. 이러한 결과로 인하여 A는 B사의 주식 전부를 소유하는 완전 모회사가 되고, B의 주주는 A의 주주로 수용되게 되는 것이다. 이러한 거래는 합병으로 인한 주식의 교환와 동일선상의 거래이나 합병은 두 회사가 서로 합쳐지는 효과라면 주식스왑은 자회사의 주주는 모회사의 주주로 편입시키고 모자관계를 형성시키므로 법적동일성은 유지하면서 독립된 회사로서 운영되는 것이다.

제3자배정 신주발행과 주식 매입을 결합한 위 거래구조는 상법상 포괄적 주식교환 절차와 구분한다. 제3자배정은 이사회 결의만으로 무제한 허용되는 것이 아니며, 상법 제418조 제2항에 따라 정관의 근거와 신기술 도입·재무구조 개선 등 경영상 목적을 달성할 필요가 있어야 한다.

상법

상법상 주식의 포괄적 교환은 기존 회사가 다른 회사의 발행주식 전부를 소유하는 완전모회사가 되는 제도다(제360조의2 이하). 새로운 완전모회사를 설립하는 주식의 포괄적 이전(제360조의15 이하)과 구분한다. 포괄적 주식교환의 주요 절차는 다음과 같다.

교환계약서의 작성

주식스왑을 위해서는 먼저 교환 당사회사 간에 교환계약서를 작성하여야 하는 바, 교환계약서 작성을 위해 준비할 사항 및 계약서상 포함되어야 할 주요내용은 다음과 같다.

1. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환으로 인하여 정관을 변경하는 경우에는 그 규정 모회사의 발행 예정 주식 총수중 미발행 부분이 주식교환을 위해 발행해야 할 신주의 수에 미달할 때에는 필히 정관을 변경해서 발행예정주식총수를 늘려야 할 것이고, 상호를 변경할 필요가 있을 때에도 정관변경을 해야 할 것이다.
2. 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우 그 총수·종류, 종류별 주식 수와 완전자회사 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항
3. 완전모회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항
4. 대가의 전부 또는 일부로 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우 그 내용 및 배정에 관한 사항
5. 각 회사가 주식교환의 승인결의를 할 주주총회의 기일
6. 주식교환을 할 날
7. 각 회사가 주식교환일까지 이익배당을 할 때에는 그 한도액
9. 완전모회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

위 목록은 상법 제360조의3 제3항에 따른 것이며 제8호는 삭제되었다.

주주총회의 승인

아래 주주총회 특별결의는 일반적인 포괄적 주식교환의 원칙이며, 간이·소규모 주식교환에서는 법정요건에 따라 해당 회사의 이사회 결의로 갈음할 수 있다.

주식교환계약서는 완전모회사가 될 회사와 완전자회사가 될 회사에서 각각 주주총회의 특별결의에 의한 승인을 얻어야 하며, 이 경우 주주총회 소집을 위한 소집통지서에는 주식교환계약서의 주요내용, 교환에 반대하는 반대주주의 주식매수청구권의 내용 및 행사방법을 기재하여야 한다. 그리고 일방회사의 정관에 주식의 양도에 관하여 이사회의 승인을 요한다는 뜻의 규정이 있고 다른 회사의 정관에 그 규정이 없는 경우에는 그 뜻도 기재하여야 한다

교환계약서 등의 공시

일반 주식교환에서는 승인 주주총회일 2주 전부터 주식교환일 이후 6개월이 지나는 날까지 다음 서류를 본점에 비치한다. 소규모 주식교환의 완전모회사는 비치 시작일과 아래 재무제표의 기준일을 상법 제360조의10 제4항에 따른 공고·통지일로 본다.

- 주식교환계약서
- 신주 발행 또는 자기주식 이전의 경우 완전자회사 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식 이전의 이유를 기재한 서면
- 승인 주주총회일 전 6개월 이내의 날에 작성한 각 회사의 최종 대차대조표 및 손익계산서. 간이주식교환은 상법 제360조의9 제2항의 공고·통지일을 기준으로 하며, 소규모 주식교환의 완전모회사에는 위 특칙을 적용한다.

주식의 교환

주주총회에서 주식교환이 승인되면 모회사는 교환계약에 정한 날에 계약 내용에 따라 신주·자기주식·금전 또는 그 밖의 재산을 자회사 주주에게 지급한다. 신주발행만 가능한 것은 아니며 대가별 법정 절차를 구분한다.

현재 상법은 주식교환을 현물출자로 인식하지 않으므로 주식교환을 위한 신주발행에는 검사인의 선임 등 현물출자의 검사절차를 요하지 않는다.

교환되는 모회사에 상법상의 자기주식이 있을 경우는 주식교환을 함에 있어서 신주발행에 갈음하여 회사가 소유하는 자기주식으로서 자회사의 주식과 교환할 수 있도록 하고 있다(제360조의2 제2항 및 제360조의3 제3항 제2호).

자기주식을 교환대가로 활용할 때는 상법 제341조의4에 따른 법정 사유와 자기주식보유처분계획의 주주총회 승인 및 매년 승인 요건, 제342조의 처분 절차를 함께 확인해야 한다. 자기주식은 원칙적으로 취득일부터 1년 이내 소각 대상이며, 2026년 3월 6일 시행 전 취득분은 개정 부칙의 경과조치를 적용한다.

주식매수청구권

일반적인 주식교환에 반대하는 자회사 및 모회사의 주주에게 주식매수청구권을 부여하고 있는바, 이는 반대주주의 권리보호를 위한 절차인 것이다. 상법상 포괄적 주식교환에는 합병과 같은 채권자 이의제출 절차가 별도로 규정되어 있지 않다. 교환대가로 자기주식이나 금전 등을 사용할 수도 있으므로 자본금이 항상 증가하는 것은 아니다.

소규모 주식교환에서는 완전모회사의 주주에게 상법 제360조의5의 주식매수청구권이 적용되지 않는다. 이 예외를 완전자회사 주주에게까지 확대하지 않는다.

기 타

합병에 있어 간이합병과 소규모합병이 인정되듯 주식교환에서도 간이주식교환과 소규모교환이 인정된다(360조의9 1항과 360조의10 1항)

세법

주식교환의 과세특례는 거래구조와 당사자에 따라 구분한다. 아래 현행 안내는 2026년 10월 28일 기준이며, 2009년 이전 거래 특례는 뒤의 과거자료에 따로 표시한다.

일반 포괄적 주식교환·이전의 과세특례

조세특례제한법 제38조는 내국법인이 포괄적 주식교환·이전으로 완전자회사가 되는 경우, 요건을 갖춘 완전자회사 주주의 주식양도차익에 대한 양도소득세 또는 법인세를 취득한 완전모회사 또는 상위 완전모회사 주식의 처분 시까지 이연하는 제도다. 일반요건은 다음과 같다.

교환·이전일 현재 1년 이상 사업을 계속한 내국법인 간 거래일 것. 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 이 사업기간 요건에서 제외한다.
대가 중 완전모회사 주식의 가액이 80% 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 80% 이상일 것. 법령에 따라 주식을 배정하고, 완전모회사 및 법정 대상 완전자회사 주주가 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도 말까지 보유해야 한다.
완전자회사가 해당 사업연도 말까지 사업을 계속할 것.

금전이나 그 밖의 재산을 대가로 받는 부분에는 시행령 제35조의2에 따라 즉시 과세되는 금액이 있을 수 있다. 법인주주는 주식대가에 관한 압축기장충당금 방식, 거주자등은 주식 외 대가와 양도차익을 비교하는 방식 등 주주유형별 계산을 구분한다.

사업연도 말까지 주식을 보유해야 하는 완전자회사 주주는 시행령 제35조의2 제6항에서 정한 지배주주등이며, 4촌 혈족과 지분비율 1% 미만이면서 시가 10억원 미만인 주주 등 법정 제외대상을 구분한다. 이후 사후관리기간은 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년이다. 이 기간의 사업폐지·주식처분, 부득이한 사유에 따른 예외, 이연세액 납부 및 신청서 제출은 제38조와 시행령 제35조의2의 요건에 따라 적용한다.

벤처기업등의 전략적 제휴 주식교환 특례

현행 조세특례제한법 제46조의7은 벤처기업등의 주식을 10% 이상 보유한 주주가 자신의 주식을 제휴법인의 자기주식 또는 제휴법인 10% 이상 보유주주의 주식과 교환하거나, 제휴법인에 현물출자하여 신주를 받는 거래를 대상으로 한다. 벤처기업등에는 법령이 정한 연구·인력개발비 투자비중 5% 이상 중소기업과 기술우수 중소기업도 포함하며, 코넥스 외 주권상장법인은 제외한다.

2027년 12월 31일 이전 거래로서 전략적 제휴계획, 법정 비특수관계 요건, 벤처기업등의 주주와 제휴법인 또는 그 주주가 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약 등의 요건을 충족해야 한다. 발생한 양도차익에 대한 양도소득세는 취득한 제휴법인 주식의 처분 시까지 과세를 이연받을 수 있다. 일반 포괄교환 특례와 대상·거래방향·보유요건을 혼용하지 않는다(제46조의7 참조).

과거자료: 2009년 이전 거래의 벤처기업 특례

아래는 조세특례제한법 제46조의2에 따른 2009년 12월 31일 이전 거래를 설명한 과거자료다. 제휴법인 주주가 벤처기업의 주식을 취득하는 방향이며, 위 현행 제46조의7과 거래방향이 다르다. 이 기한만 연장하여 현재 특례로 적용해서는 안 된다.

현금을 수반하지 않는 주식스왑을 통한 벤처기업의 M&A에 대해 지원함으로써 외부자금의 유입이 어려운 벤처기업의 활성화를 유도하기 위하여 주식회사의 10% 이상을 보유한 주주가 2009년 12월 31일 이전에 벤처기업(주권상장법인은 제외)의 자기주식과 교환하거나 벤처기업에 현물출자하는 경우에 적용된다.

지원내용

(*) 주식회사인 법인(제휴법인)의 10%이상 보유한 주주가 아래의 요건을 갖추고 주식교환을 하는 경우 발생하는 양도차익에 대하여는 당해 주주가 주식교환으로 취득한 벤처기업의 주식을 처분할 때까지 양도 소득세의 과세를 이어받을 수 있다.

요 건

다음의 요건을 갖춘 경우에만 양도소득세 등의 지원을 받을 수 있다.

1. 벤처기업과 제휴법인간 전략적 제휴를 추진하고 그에 따라 주식교환 등이 이루어질 것
2. 제휴법인의 주주 1인과 친족, 기타 특수관계에 있는 자가 벤처기업의 최대주주와 특수관계가 없을 것
3. 제휴법인과 현물출자를 받는 벤처기업 간에 주주 등이 주식교환 등으로 취득한 주식 등을 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 체결할 것

감면세액의 납부

양도소득세를 과세이연 받은 주주 등은 다음에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 신고시 시행령 제43조의 2 제3항에서 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 주주 등이 현물출자로 취득한 주식 등을 취득일부터 1년 이내에 양도하는 경우
2. 벤처기업이 현물출자 받은 주식 등을 취득일로부터 1년 이내에 양도하는 경우